تنتمي عائلة آل مكتوم، من حيث النسب، إلى قبيلة البوفلاسة العريقة، التي تعتبر بدورها أحد فروع قبيلة بني ياس.
قبيلة بني ياس، التي تتألف من تجمع من قبائل عدة ، قبيلة تتمتع بمكانة رفيعة، إذ عرفت بسيطرتها ونفوذها على المنطقة التي تعرف هذه الأيام بالإمارات العربية المتحدة.
تعتبر أبوظبي مهد قبيلة البوفلاسة الأصلي، وبحلول العام 1833 رحل الشيخ مكتوم بن بطي ومجموعة تتألف من 800 رجل من أفراد القبيلة إلى دبي، ليعتبر ذلك التاريخ بداية حكم آل مكتوم لمدينة دبي.
لم تكن دبي في ذلك الوقت، سوى بلدة صغيرة لا تتميز عن غيرها من المدن بشيء، ولكن حركة التغيير والتطوير بدأت بمجيء آل مكتوم، حيث أصبحت دبي مهوى أفئدة الناس من كل مكان.
وكان الشيخ مكتوم شاباً في أوائل عمره عندما تسلم حكم دبي، التي كانت تواجه تحديات كبيرة، سياسية واقتصادية، لكن الشيخ مكتوم أثبت قدرة عالية في مواجهة التحديات التي كانت تعترضه وحكمة في التعامل معها، الشيء الذي عزز مكانته حاكماً لإمارة دبي.
في الحقيقة، توجد ندرة في الوثائق التي توثق لتلك الحقبة من تاريخ دبي، ولكن الذي يعرف عن هذه الحقبة أن الشيخ مكتوم كان يتمتع باحترام واسع، كما أنه لعب دوراً فعَّالاً في المنطقة التي كانت تعرف حينها بالساحل المتصالح.
وقد توفي الشيخ مكتوم في عام 1852، ليتسلم الحكم بعده أخوه الشيخ سعيد بن بطي، الذي استمر في السير على نهج أخيه الشيخ مكتوم في جعل دبي مكاناً آمناً للناس، إذ قام بإجراءات عدة لمجابهة جميع الأخطار، حيث اتخذ الشيخ سعيد قراراً حكيماً، أدى إلى إنشاء اتحاد من كل من إمارات دبي وأبوظبي وأم القيوين، الأمر الذي عزز قوته تحسباً لأي نزاع محتمل.لكن الشيخ سعيد ما لبث أن أصيب بمرض خطير أودى بحياته في عام 1859، أي بعد سبعة أعوام من حكمه رحمه الله.
وبوفاة الشيخ سعيد بن بطي، عاد الشيخ حشر بن مكتوم إلى دبي، حاكماً لها. وقد عرف الشيخ بقوته وعدله، كما كان حازماً جداً في موضوع الالتزام بالمعاهدات التي وقعتها دبي مع البريطانيين وباقي الإمارات المتصالحة، إذ كان لا يتوانى في معاقبة أي شخص يخل بهذه المعاهدات.
وبعد وفاة الشيخ حشر بن مكتوم في سنة 1886، اجمع كبار رجالات القبيلة على تعيين الشيخ راشد بن مكتوم قائداً لهم.
وبعد تقلده زمام الأمور، أقام الشيخ راشد بن مكتوم آل مكتوم تحالفات عدة مع قبائل عديدة، من بينها قبيلة بوشامس، وذلك إثر زواجه من إحدى بناتها. وكانت قبيلة بوشامس تقطن منطقة البريمي، التي عرفت بأهميتها الاستراتيجية في ذلك الوقت. وفي أواخر أيامه، تمكن المرض من الشيخ راشد بن مكتوم آل مكتوم إلى أن وافته المنية العام 1894.
وكان في الساحة حينها الشيخ مكتوم بن حشر آل مكتوم، الذي تسلم مقاليد الحكم في دبي. وحسبما جاء في الوثائق البريطانية عن المنطقة، فقد شهد عصر الشيخ مكتوم تحولاً كبيراً نحو التحرر والانفتاح الاقتصادي والتطوير. وقد قام بإلغاء الضرائب عن التجار، ليوجه أنظار التجار آنذاك إلى دبي وقد نجح في ذلك، حيث شهد عصره هجرة الكثير من أصحاب المال إلى دبي، ومن لم يهاجر بدأ يتخذ من دبي مركزاً لتجارته.
وخضع ميناء دبي إلى العديد من عمليات التطوير، الأمر الذي أدى إلى إحداث نمو جيد في الحركة التجارية، والذي أدى بالتالي إلى فرض دبي نقطة توقف حيوية للعديد من خطوط الملاحة، وأهم مركز تجاري على ساحل الخليج العربي.
توفي الشيخ مكتوم بن حشر آل مكتوم العام 1906.ولما كان أولاده صغاراً، وبالتالي غير قادرين على تسلم الحكم، ذهب حكم دبي إلى ابن عمه الشيخ بطي بن سهيل، الذي كان بدوره قد بلغ سناً متقدمة، لذلك لم تدم فترة حكمة لدبي لأكثر من ست سنوات، إذ توفي العام 1912، ليخلفه الشيخ سعيد بن مكتوم آل مكتوم.